测绘工程科是负责大队测绘生产、计划、基建、统计、合同及对外提供测绘产品资料的职能部门，主要职责包括：指挥协调测绘生产和项目工程的计划、调度和实施；测绘、水文工程进度控制、过程质量控制、合同管理和工程技术成果资料的管理、汇编；“三项”费用、小型基建和修缮项目的管理并安排实施；经济合同审核和统计报表的汇总、分析、上报和年度统计资料的汇编；沿海港口航道图、《改正通告》等航海图书资料的发行等. 

    测绘管理科是测绘管理和质量管理的职能部门，主要职责包括：组织沿海港口航道图目录、航行图集等航海图书的编制、出版工作；组织和协调各海区航海图书资料的印制工作以及对印制质量的监督工作；负责辖区内对外开放港口、航道通航水深的核定工作；负责大队港口航道图、电子海图、改正通告以及其他重要测绘产品的质量检验、质量评定、质量考核等产品质量；负责大队质量管理体系和QC全面质量管理工作等。

    技术装备科是大队科技管理和设备管理的职能部门，主要职责包括：科技和设备管理制度的制订，科技发展规划和年度计划的制定、实施、成果评定和推广应用；测绘、船机、办公等设备和计算机软硬件、网络的管理；编制设备引进和购置计划，组织设备验收、开发和应用；设备管用养修制度的制订、监督实施和考核；建立设备台帐等设备动态管理，统计和分析设备保障能力状况，负责设备调配，保证测绘生产正常运转等。 

    测量队是大队实施港口航道测绘及测绘仪器设备维修、检测的作业队，主要职责包括：按大队下达的测绘生产计划和技术设计书、技术任务书的要求，组织实施港口航道测量工作；对测绘外业成果的质量检验，对测量过程质量进行监控；大队测绘仪器设备的使用保管、维修养护业务的实施等。 

    制图队是大队编辑和绘制港口航道图的基层作业队，主要职责包括：按大队下达的测绘生产计划和技术设计书、技术任务书的要求，组织实施港口航道图的编辑和绘制；负责测绘制图成果的质量检验，对制图过程质量进行监控。

    电子海图数据中心是大队电子海图研究开发、制作编辑的作业队，主要职责包括：跟踪电子海图技术发展，研究制定中国海事系统电子海图相关技术规范和标准；管理中国海事系统海道测量数据和海图数据；组织实施电子海图的编辑和制作，负责电子海图成果的质量检验，对制作过程质量进行监控；负责电子海图应用的推广，并对外公开提供数据更新和服务；汇总各海区各类改正通告资料和《沿海港口航道图改正通告》的编辑工作。 

    水文队是为大队港口航道测量提供水位资料和通信保障的作业队，主要职责包括：队属各水位站的管理；组织对所辖水位站获取的水文资料进行检查、计算、整理和归档，向大队内、外用户提供水位资料；组织编制上海港和杭州湾潮汐表并提供有关水文气象潮预报和气象信息；对水文、气象成果资料进行检验，对水文作业过程质量进行监控。 

    船队是为大队执行测绘任务和其它生产任务提供船舶和人员服务的作业队，主要职责包括：组织、安排、检查、督促船舶和人员实施生产；督促检查船舶班组执行各项管理制度及安全技术操作规程，保证航行安全和配合测量工作；负责船舶、设备的使用和维护工作；初审船舶修理申请和计划，督促船舶开展扩大自修工程等。